De geschiedenis van het orgel begint in de Koepelkerk. Deze kerk, de voorganger van de Grote Kerk, werd in 1854 in gebruik genomen. Pas in 1881 werd daar een 8 stemmen tellend orgel in gebruik genomen van de orgelbouwer Roelf Meijer uit Veendam. Al na enkele weken kwam men tot de conclusie dat dit orgel veel te weinig draagkracht had om 800 kerkgangers te kunnen begeleiden. Het nieuwe orgel dat Meijer daarna bouwde had twee klavieren en een aangehangen pedaal en werd ingewijd op 16 mei 1882. De Koepelkerk heeft door vochtproblemen slechts 44 jaar aan de Cortgene gestaan en moest in 1898 afgebroken worden wegens de te zwakke constructie. Toen de Grote Kerk in 1899 klaar was is het orgel opnieuw opgebouwd op de huidige plaats.
De Grote Kerk telde na de bouw 1300 zitplaatsen; het voor de Koepelkerk gebouwde orgel werd al snel als te klein ervaren. In 1903 breidde J. T. Kerper te Gouda, Piano- en Orgelhandel, het orgel uit met een Trompet en een Mixtuur op het hoofdwerk, een Vox Humana op het bovenwerk en werd de Cornet uitgebreid. In 1917 verving dezelfde orgelmaker de klavieren. Negen jaar later kreeg het een elektrische windmotor.

Omdat ds. Groenewegen in 1939 de noodklok luidde over de staat van het orgel kreeg Firma Van Leeuwen uit Leiderdorp de opdracht voor restauratie en uitbreiding. Hij plaatste een zinken Prestant, een pedaal met pneumatische lade met daarop drie stemmen. De Bourdon 16' werd voor zover het de houten pijpen betrof van zijn oorspronkelijke plaats tussen lade en front weggehaald en opgesteld aan de Cis-kant van de hoofdwerklade. Om er ruimte voor te maken werd de kast aan die zijde uitgebreid en het front met een loos veldje verbreed. Voor de symmetrie kreeg de andere kant ook een loos veld. Het bovenwerk werd uitgebreid met een zinken Hoorn-Prestant 8'. Ook werd de met de hand bediende pompinstallatie verwijderd en werden de speeltafel en registerknoppen gemoderniseerd.

Reeds in 1960 begon het instrument -ook al door lekkages in het dak van de kerk- alweer gebreken te vertonen. In 1977 zweeg het instrument -voorlopig- voorgoed. Gedacht werd aan een nieuw instrument, maar later -door de invloed van de Haarlemse organist en adviseur Klaas Bolt- koos men voor restauratie. In 1980 begon orgelmaker Reil aan de demontage. De volgende zaken werden aangepakt: De Hoorn-Prestant verviel, de Bourdon 16' kon weer achter het front, dus de verbreding verviel; de houten pijpen van Bourdon 16' werden vernieuwd. De complete Meijer-kast werd gereviseerd en er werd een nieuwe pedaalkast met 3 nieuwe houten registers geplaatst op een mechanische pedaallade. Het in de loop der tijden verloren gegane ornamentswerk werd opnieuw vervaardigd en op de torens werden nieuwe beelden geplaatst. Het front kreeg nieuwe pijpen en de laden en het regeerwerk werden geheel gereviseerd. Op het hoofdwerk kwam een nieuwe Trompet en een nieuwe Mixtuur 2-3sterk in de bas. De Cornet werd weer 3sterk en werd tevens weer op de lade gezet. Op het bovenwerk kwam een nieuwe Dulciaan 8’.
In 2011 voerde Orgelmaker Reil groot onderhoud uit. Daarbij werd op wens van de organisten de Mixtuur uitgebreid met een 4-stemmig koor op de discant, de Cornet werd daarbij opgebankt. Tevens kregen de Mixtuur en de Trompet 8’ bas- en discantregisters.

Uitgebreide informatie kunt u opvragen bij de organist van de kerk: hoofdorganist@kerkenpad.nl